Khi hoạt động (ôpêron mở) thì các gen trong ôpêron cùng được phiên mã với nhau thành một chuỗi phân tử mARN ghép, gọi là ARN đa xi-trôn (polycistronic mRNA).[6] Sau khi được phiên, chúng có thể được dịch mã cùng nhau trong bào tương, hoặc trải qua chế biến để tạo ra các mARN đơn xi-trôn rồi được dịch mã riêng biệt. Do đó, kết quả là các gen cùng một ôpêron thường được biểu hiện cùng lúc hoặc không được biểu hiện.
Khi ôpêron đóng, thì sản phẩm (là mARN và sau đó là prôtêin) không được tạo ra, do đó ôpêron là một đơn vị dùng để điều hoà hoạt động gen chỉ ở cấp độ phiên mã.[7]
